Az alapítványnak, mint minden jogi személynek székhellyel kell rendelkezni. Az alapítvány székhelye általában egybeesik a központi ügyintézés, ügyvezetés helyével, de attól el is térhet. A székhely címe a hivatalos kézbesítési cím, tehát ha ez változik, az alapítványnak elemi érdeke a változást bejelenteni a bíróságon illetve a hivatalokban. Itt tehát az alapítványnak biztosítania kell a részére címzett jognyilatkozatok fogadását és a jogszabályban meghatározott iratainak elérhetőségét.  A székhely mellett természetesen telephely (ahol az alapítvány ténylegesen működik, ha az nem azonos a székhellyel) is létrehozható,  Az esetlegesen létrehozott telephely azonban – a székhellyel ellentétben – nem része az alapítványról vezetett bírósági nyilvántartásnak.

Az alapítvány székhelye lehet az alapító lakása, a kuratórium valamelyik tagjának vagy a képviselőnek a lakása is. A székhelyhasználat igazolása során a székhelyül szolgáló ingatlan tulajdonosának, vagy a további használat engedélyezésére való joggal rendelkező használójának az ingatlan székhelyként való használathoz való hozzájárulását tartalmazó, legalább teljes bizonyító erejű magánokiratba foglalt nyilatkozatát kell csatolni. Ha a szervezet a székhelyül szolgáló ingatlan tulajdonosa, a tulajdonjogát igazoló okirat másolatát kell a kérelemhez csatolnia.