A kiadások tekintetében általánosságban elmondható, hogy minden a tevékenység érdekében felmerülő kiadás elszámolható költségként vagy ráfordításként. Ezek célszerűségét és mértékét a szervezetek döntéshozó szerve ellenőrzi. A civil szervezetre vonatkozó gazdálkodási alapelvekből következően kerülni kell a pazarló költekezést. Kiemelt figyelmet kell fordítani a pénzkezelés mellett a kiadások jóváhagyásának rendjére és megfelelő adminisztrációjára is.
Fő szabály szerint az alapcél szerinti és a gazdasági-vállalkozási tevékenységek kiadásait és bevételeit elkülönítetten kell nyilvántartani.
A szervezetekre vonatkozó jogszabályok (2011. évi CLXXV. Tv. 19. §) – a kiadásokat a következő módon csoportosítják:
- alapcél szerinti (közhasznú) tevékenységhez közvetlenül kapcsolódó költségek
- gazdasági-vállalkozási tevékenységhez (szolgáltatás nyújtásához) közvetlenül kapcsolódó költségek
- működési költségek (adminisztráció, közvetett költségek, több tevékenységhez használt eszközök értékcsökkenése)
- egyéb költség
Azokat a költségeket, amelyek az alapcél szerinti tevékenység, és a gazdasági-vállalkozási tevékenység (közhasznú jogállás esetén a közhasznú tevékenység) között közvetlenül hozzárendelni nem lehet, azokat a bevételek arányában kell évente megosztani a tevékenységek két csoportja között. Ilyen jellemző költség például, ha van: a vezető tisztségviselőknek nyújtott juttatás és azok járulékai, székhely fenntartásának költségei, bankköltségek stb.
Ezen csoportosításon túl a kiadásokra vonatkozóan a Számviteli törvény általános előírásait kell alkalmazni.
A pályázati kiírások viszont a kiadások alábbi bontását kérik általában:
- személyi jellegű kiadások, pl. bérek, megbízási díjak, azok járulékai, egyéb személyi jellegű költségek, amelyen általában a számviteli törvény szerinti tételeket kell érteni; A számla ellenében kifizetett egyéni vállalkozói díjakat a dologi jellegű kiadások között kell kimutatni.
- dologi jellegű kiadások vagy anyagjellegű szolgáltatások, pl. rezsi, telefon, kis értékű eszközök beszerzése, vásárolt szolgáltatások értéke, azaz számla ellenében kifizetett díjak. Tehát ide értendő mindaz, ami a szervezetnél felmerül és nem bér vagy tárgyi eszköz;
- felhalmozási jellegű kiadások, ez alatt a számviteli törvény alapján tárgyi eszközként elszámolandó, jellemzően nagyobb értékű (100 ezer Ft egyedi beszerzési – jellemzően bruttó – érték fölötti) eszközök beszerzése értendő. Nem minden pályázat enged meg ilyen jellegű beszerzést.